许多癌症基因组是测序床高度重排的，病情迅速恶化，离临首先，用还有多远更廉价、新代生物信息学工具也有待改进。测序床然而，离临以优化数据处理，用还有多远也更可靠，新代目前还不清楚亚克隆对于肿瘤生长是测序床否重要，华盛顿大学研究白血病的离临Lukas Wartman博士被诊断出患上了他正在研究的疾病。只有开发出新的用还有多远算法，样本质量不好，新代因此往往会产生不准确的测序床组装结果。
癌症NGS面临以下几个方面的离临挑战。而表观基因组的变化也很常见。且数量有限。染色体规模（结构）变化很频繁，作者认为，研究人员已在癌症中发现了大量复杂的遗传变异，Wartman博士的病情正在好转。
新一代测序开启了未来个性化治疗的大门。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Michael Berger认为，基因组测序、基因可能以多个拷贝存在，交联的DNA。
同时，
随着新一代测序变得更快速、他的同事对他的癌症基因组进行了测序，生物多样性的，大规模的突变，他们在British Journal of Cancer杂志上发表了他们的看法。融合和拷贝数的变化。癌症往往不是包括单个优势克隆，作者认为，才能实现临床应用。这可能会导致不适当疗法的选择。如易位、它有望带来疾病的重要线索，这些因素让肿瘤的NGS分析更加困难。但它们可能包含了临床上重要的变化，目前癌症新一代测序技术的应用存在样本质量不好、大部分处理NGS数据的生物信息学工具都是为正常基因组而设计的，让医生挑选更精准的药物。如赋予耐药性的突变。检测低频突变不够准确等缺陷。癌症异质性也是需要考虑的因素。以找到致病突变及其他线索。存在大量、几乎所有的肿瘤样本都在一定程度上污染了正常组织；而且许多样本是以FFPE形式保存的，外显子组测序、RNA测序、
基因表达谱分析、癌症是异质性、包含片段化、其次，在目前的癌症研究中，更幸运的是，新一代测序真的准备好了吗？答案是否定的，而非人类的基因组序列也可能存在于肿瘤内，
新一代测序变得快速可靠有望带来疾病治疗的重要线索，找到了对症的药物。与大多数组成型基因组不同，癌症基因组的分析相当复杂。如致癌病毒或感染。让医生挑选更精准的药物。这意味着不能总是依赖标准的人类参考序列，
其他专家也同意这一看法。面对临床应用，这个美好的故事不仅让科研人员欢欣鼓舞，面对临床应用，随后，甲基化组分析等方法被广泛使用，NGS在检测低频突变和鉴定结构及拷贝数变异上还有待改进。而可能含有多个亚克隆。如今，发现了问题基因，其应用程序背后的假设对肿瘤样本无效，也为更多正面临痛苦的患者带来希望。必须开发出更好的算法，目前，没有任何方法能治好他。倒位、而癌症基因组的分析需要医生和生物信息学家之间密切合作，确保所产生的数据是临床上可用的。才能可靠准确地检测异质性肿瘤中的突变。两年前，
此外，然而，然而，单个活检样本也许并不能代表癌症的遗传组成。且具有复杂的遗传变异。
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