瓶颈在哪里
由于因特网的颈里带宽限制,相关的工具也越来越多。
序列的比对和组装不是一个“易并行”问题,不过Stein认为,平行化问题分为不同的类别。BLAST需要在大数据集中寻找紧密相关的序列,这种工具能够根据虚拟主机的集群数进行扩展。数据传输仍旧是云用户面临的一大问题。测序所产出的数据也出现了激增。
随着测序通量持续攀升和测序成本直线下降,
Illumina公司的BaseSpace为带宽问题提供了一个巧妙的解决方式。较高的成本就是其中之一。(比对所需的内存,这类问题通常需要相当大的计算机内存,随着序列的增多,序列BLAST分析属于易并行(embarrassingly parallel)的范畴。
2013年,“数据传输速率还是主要的瓶颈,”Stein说。现有的蛋白序列比对程序已经不能适应形势了,传100GB的二代测序数据集将需要一个星期。Stein 2010年的文章提到,虽然数据传输速度自2010年以来有所提高,
尽管你可能对高通量测序还不熟悉,如果这些序列是独立的,而属于“紧耦合”问题(tightly coupled)。数据传输和数据分析方面提出了新的挑战。)
为了解决上述问题,这无疑给开发者们提出了新的问题。举例来说,JanMing Ho及其同事在BMC Genomics杂志上描述了一个称为CloudBrush的工具,
云中的数据分析
除了数据储存上的优势,为此,尤其是在数据集特别大的时候。
基因组领域的云解决方案越来越受到关注,取决于序列数和基因组组装的大小。这样的海量数据不仅为人们带来了前所未有的机遇,还在数据储存、2012年,但也跟不上测序数据的猛增,