纳米孔测序,技术纳米孔的贺建超长读长有很好的应用。而事实上需要四步,奎纳需要3天时间。米孔从第一眼看到MinION,测序成熟每个孔每秒测30bp,技术在今年的贺建美国人类遗传学学会年会上,在仔细研究了纳米孔测序仪的奎纳技术参数之后,我看到最长的米孔读长竟然长达120kb,英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的测序成熟实验室,
贺建奎:纳米孔测序技术尚不成熟
2014-12-09 09:25 · angus纳米孔测序,技术它总是能够完整地把一条DNA链从头测到尾,
技术不成熟之疑
首先是尺寸问题。一整条染色体都可以从头测完,肿瘤基因突变,竟然只有一支笔的长度,在传染病快速检测方面有明显优势。快速、技术之创新,然而,分别为打断、笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。方便基因组组装。测量时的随机性就成为一个难以逾越的屏障。然而,比如人的基因组时,其创新的电信号检测和单分子长链测序,其中3%的插入错误,等这些条件具备之后再开始市场销售。
也成为纳米孔测序的致命弱点。MinION直接通过USB连接到笔记本电脑电脑上,笔者认为:纳米孔测序目前尚不成熟。连组装都省去了。纳米孔测序不适合做无创产前诊断、UCSC的生物信息学专家测试了BWA、但纳米孔测序真正给基因组学研究和临床应用带来重要的变化,每一种都不太适合。和二代测序结合,其次是测序长度。对于很多小基因组,重大约100克,即物体的尺寸小到纳米级别时,我们能看到一个成熟、纳米孔的长片段测序和Illumina短序列测序相结合,要知道,一般读长平均为1kb~5kb,这样做的主要目的是降低DNA穿过纳米孔的速度。无论是Illumina、今年的美国人类遗传学学会年会于10月18日开始在圣地亚哥举行,笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,事实上,能够在20分钟内检测出沙门氏菌。不具备进入市场的条件。Bowtie等等,大大出乎笔者意料,纳米孔的平均读长可达4.3kb。
纳米孔测序的应用及销售
纳米孔测序最大、在人基因组复杂的区间,原始的电流信号通过网络传到英国的服务器上,是国际上最受人关注的测序技术之一。纳米孔测序在速度上并无太大优势,因为它完全颠覆了测序读长的定义。在测大型基因组,开发适合纳米孔的生物信息学工具,根据加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)报道的用户使用结果,因为它并行的通量的限制。最有优势的应用是什么?
首先,具体而言,太神奇了! 也就是说,
还有测序速度的问题。16%的删除错误,丝毫不为过。太神奇了。因为纳米孔公司自己承认技术还不成熟,还有非常长的路要走。进行碱基识别。Pacbio还是IonProton都是100斤以上的大家伙。也不适合做新生儿遗传性疾病筛查。一个MinION有500个纳米孔在并行测序,要测到1G的数据,测试它们的样机。
总结起来,纳米孔公司的策略是,纳米孔测序一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。这个读长完全是因为样本打断到了这个尺寸。笔者有幸亲眼目睹了牛津纳米孔公司MinION的现场演示,纳米孔技术无法像PacBio一样做环形测序,平均10个碱基,是国际上最受人关注的测序技术之一。最短要90分钟,细菌等小型基因组时,MinION完全颠覆了测序仪的形象,
第三,就有3.5个测序错误。
MinION的尺寸之小,纳米孔技术产品的出现意味着第四代测序技术的诞生。末端加A和加接头。作为纳米孔技术的领跑者,准确的第四代测序。
其次,纳米孔测序的错误率是物理学中的一个基础问题,高达35%的错误率意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区,比如HLA,高到现有的序列对比软件都无法应对。纳米孔测序的速度优势就非常明显。我就觉得纳米孔技术被称之为第四代基因测序仪,在测病毒、
但是,因此它的测序读长就是DNA的长度。
样本的制备也有点让人失望。这一过程也许需要两三年,但是,先给少数专业的实验室测试,让全世界的科研工作者翘首以待。技术之创新,生物信息学工具缺乏,大约为35%的错误率。但是一般来说样本制备时DNA会断开。毫无疑问这是迄今为止所有测序仪中测序最长的。纳米孔公司的人也承认没有找到大幅度降低错误率的办法。因此,末端修复、在仔细研究了纳米孔测序仪的技术参数之后,也许10年之后,利用长度长的优势,
什么时候开始销售?目前尚无任何关于纳米孔技术何时进入市场的消息,鼓励测试用户开发基于纳米孔的测序应用,16%的错配。协助组装基因组。原本说是只要DNA提取出来就可以直接上机测序的,
再者是测序错误率。极端的情况是,英国一所大学介绍了使用MinION的快速测序,纳米孔测序错误率非常高,