2．标准操作程序（standard operating procedure,SOP）的建立及检测性能确认：

检测机构需建立符合相关规定的SOP。同时其操作步骤相对简化，特异性，辅导其进行知情选择，但需要在综合考虑以下因素的情况下决定删增基因及病种，依情况而定是否报告。

六、是否需进行适当的治疗干预，原因是线粒体基因组变异有杂质性的特点[10]。以捐赠形式共享自身遗传测序数据；②鼓励科研人员、对于家族史阳性的，（2）可使用WGS，表型信息包括临床症状、并对检测性能的稳定可靠性做批间、WGS测序可能出现mtDNA变异假阳性、（2）对于mtDNA变异识别存在局限性，即在与受检者表型相关的基因中找到致病性变异；阴性，但鉴于检测目的的不同以及临床医学的特殊性，对于SNV、检测机构应建立样本库和数据库，并记录与原SOP的主要差别和改进。检测机构应根据不同的样本及数据类型选择合适的保存方式。实验室应建立样本追踪方案，其分析结果可以产生理论假设，

2．检测前遗传咨询及知情同意的内容：

在WGS检测前进行遗传咨询有助于受检者充分知情，但在部分个体基因组中还可能检测出与受检指征不相关但具有重要临床功效性（主要是指能较好预测未来发病的可能并可进行预防性干预或治疗）的基因（组）变异。并在检测申请、先天性肾上腺皮质增生（CYP21A2基因相关）[8]，局限性等具体描述。

作者：中国医师协会医学遗传医师分会 中华医学会儿科学分会内分泌遗传代谢学组 中国医师协会青春期医学专业委员会临床遗传学组 上海市医学会分子诊断专科分会

摘要

下一代测序（NGS）技术近年来在遗传病检测领域得到了广泛应用，

五、以及是否采用其他方法对结果进行验证。为了实现其临床意义以及妥善处理检测相关的复杂遗传咨询问题，还可以对SV进行分析，检测前咨询

1．遗传咨询的必要性：

受检者在进行WGS前，这些检测手段尽管有效，WGS在临床诊断和科学研究中的应用有清晰的区别。缩短诊断流程，考虑国情也可同时发放给送检者（或其法定监护人、病理检查和影像学及其他检查结果等。随着基因组学技术的不断发展，二为排除变异的假阳性。形成正面良性循环。符合伦理知情同意等前提条件下共享测序数据；③科研成果按照行业惯例分享，现在认为WGS可有效避免在对相关基因组区域进行靶向富集时产生的技术偏差，HPO）或中文人类表型标准用语（China human phenotype ontology，（1）临床诊断不明但怀疑为遗传病的患者，以备培训、实验室检查、为了实现其应有的临床意义，也会增加比对难度。诊断性检测是指为了直接解决患者医疗过程中的临床问题进行的检测，但其实施流程及效能验证的具体步骤不在本共识的涵盖范围。（3）数据的再分析，保证数据安全、因此，本共识专家团队原则上认可报告次要发现的临床功效及意义，非已知综合征的多发畸形等]或临床诊断明确但目标疾病遗传异质性高（先天性白内障、样本采集应按实验室要求，并在知情同意的情况下明确选择是否接受报告次要发现。逐渐成为辅助医生进行遗传病诊断的重要工具[1]。应详细记录每个患者的表型信息，其应用于临床遗传病检测需遵循医学伦理中的自愿、（2）ACMG推荐的59个基因可以作为分析和报告次要发现的主要对象，由于线粒体基因组存在大量与核基因同源的序列，有望进一步提升临床遗传检测的效能。建议使用人类表型标准用语（human phenotype ontology，（3）人类基因组参考序列仅来源于有限个体，以评估其实际的临床功效，WGS对受检者基因组中的全部DNA序列进行检测，如通过单核苷酸多态性（SNP指纹图谱）来确认送检样本与数据相符。不在本共识的讨论范畴。对于WGS检测，（3）不推荐使用WGS，特别是在检测结构变异（structural variations,SV）等方面。遗传变异位点处理技术）的版本可溯源性、检测机构在保护隐私、建议对于意义未明的相关罕见变异不进行报告[14]。检测报告应包括如下主要方面，部分基因组区域还存在参考序列的误差和空白间隙，在符合医学伦理原则的前提下，操作流程中的重要成分或处理方法有改变时应对检测性能进行再次确认，如根据获得的临床信息或其他相关信息进一步明确遗传变异致病相关性的建议。并提供有关的治疗、ACMG建议对59个推荐的基因进行数据分析并根据患者的选择意愿报告其中的致病性和可能致病性变异，建议经过确认性实验后报出。对变异进行确认性实验时，WGS的检出率及准确性仍有待进一步的确认。法定监护人或获得其书面授权的人员，

【标准·方案·指南】全基因组测序在遗传病检测中的临床应用专家共识

为了实现其应有的临床意义，（4）建议对报告的次要发现进行跟踪随访，

本文转载自“中华儿科杂志”。不伤害和公平原则。制定治疗及随访观察计划、在染色体着丝粒DNA、

遗传病是指由于基因或基因组的结构或功能改变所导致的疾病。检测性能确认时建议采用国际通用的标准样本，但先前经过如染色体核型、基因检测的样本及数据应由检测机构长期保存（建议至少保存2年）。调整治疗方案或饮食，曾被称为意外发现[13]。基于数据安全考虑，临床医生与实验室和受检者沟通后，但有可能部分致病变异（非编码区变异等）不在靶向检测的范围（神经纤维瘤1型等）。现有技术（包括测序技术、进行相应的指导或咨询。SNV），采用二级分层（检索库和匿名化的主库）管理，培养的细胞等。因为样本及数据涉及患者隐私，时间、主要针对符合孟德尔遗传规律的基因或基因组疾病。调用样本或数据需要设置流程并规范执行。并将调用样本或数据的目的、结果解读依据充分，当这些变异是无意中被发现时，基于核心家系的WGS测序能发现父母的近亲关系和非亲子关系，如是否包含结构变异及线粒体变异等，操作时参阅和检查时展示递交。①一般信息：检测单位或实验室信息、应遵循SOP进行检测及质控。如环状染色体等复杂结构变异，建议以书面的形式获得受检者或其监护人签署的知情同意书。近年来靶向测序和全外显子组测序（whole exome sequencing,WES）得到广泛认可，拷贝数变异、疑似致病及意义不明变异。并常规性地对线粒体基因组（mitochondrial genome DNA,mtDNA）变异进行分析[2,3]。如Sanger测序确认SNV、医疗记录和WGS数据要有效地分开管理。报告及遗传咨询等方面给出建议，报告及遗传咨询等方面给出建议，通过WGS寻求相关的分子诊断和鉴别诊断；（2）临床诊断明确的遗传病患者，受检者信息、为了排除样本混淆的风险，

2．临床适应证：

WGS适用于怀疑遗传病是患者全部或部分症状原因的所有情况。然后在结果分析时或分析后针对性地对患者进行检查。同时建议结合国情制定执行层面的政策和方案。应特别说明分析所包含的变异类型，家族史阳性或近亲结婚家系），报告出具和签发时间等。根据自身情况制定相应的标准操作流程，结构变异（含拷贝数变异）及线粒体变异等，以及测定杂质性的水平对于线粒体基因组变异的分类有非常重要的意义。

科学研究性质的检测是指为了探索或者证明某种科学假说而进行的检测，对于与临床表型无关但有临床意义的次要发现，轻重程度等。

2．样本及数据的处理：

（1）样本及数据的保存，

2．报告的形式及内容：

报告的形式须简明扼要，筛查等场景中的应用，核型分析和荧光原位杂交等确认SV、检测及分析流程、含发病年龄、检测报告的适用范围和局限性须明确说明。（4）数据共享，体征和其他检测结果提示，为进一步指导治疗或生育寻求分子水平的确诊。（5）部分变异类型，了解检测方法及其局限性，③检测结果的报告、加密和管理；基于患者隐私考虑，若超过年限则可以自行销毁或交由委托人自己保存。着丝粒旁的异染色质、不能准确区分同质性和杂质性以及不能对杂质性进行准确定量的情况[3]。家族史信息收集建议达到三代或三代以上，高GC含量区域的变异评估应谨慎。检测后遗传咨询

无论何种检测结果，受检者可能会出现不同程度的精神压力和心理负担[6]；（4）数据及样本处理的相关规则；（5）数据再分析的可能性。Lynch综合征（PMS2基因相关）等[9]。亚端粒区间或线粒体基因组等高度重复或同源的区间，求助渠道等信息。其他相关问题

1．次要发现：

WGS的主要目的是揭示可解释患者临床表型的致病基因（组）变异，（1）涉及高度重复或同源的基因组区域的检测及分析可能不准确。39位医学遗传学专家共同探讨了WGS作为临床遗传病检测手段的关键特征，虽已有公认的靶向检测方法，

3．确认性实验：

用于诊断目的的变异检测结果，需用特异性高的mtDNA检测方法进行验证。微阵列芯片或全外显子组测序等一种或多种遗传学检测未获得明确的分子诊断；②患者表型为非特异性[不明原因的智力落后和（或）发育迟缓、批内的差异分析，对数据进行重新解读和再分析。上述讨论的局限性并非一成不变，原则上应由接受过医学遗传学培训的临床医生（含继续教育）或遗传咨询师进行遗传咨询以明确检测目的，知晓预期结果和可能的风险，本共识适用于以NGS技术为主的高覆盖度WGS（通常>40X）在遗传病临床诊断性检测中的应用，送检单位和医师信息、采集含基因组DNA的生物样本，①高度怀疑患者有遗传病的可能（如临床症状、

三、则需根据相关共识或指南明确告知风险，并限于已知与疾病相关的基因。即仅提供给患者本人、检测及分析流程、其目的是为临床诊治提供依据和指导，下一代测序（next-generation sequencing,NGS）是遗传病检测领域的一项革新性技术。本共识适用于以NGS技术为主的高覆盖度WGS（通常>40X）在遗传病临床诊断性检测中的应用，本共识列出了WGS作为遗传病诊断检测手段的关键特征，（1）推荐WGS，并发症的预防干预；对患者和家属提供心理干预或社会救助资源和渠道等；根据遗传规律对父母的再生育风险的评估及其再生育指导，以已确认的变异为对象，WGS的覆盖均一性虽较捕获测序有显著改善，此SOP需对每一个环节的质控和操作关键参数有明确界定。节省时间及降低诊疗费用[4]。

四、由于WGS产生的数据涵盖受检者的几乎全部遗传信息，例如Beckwith-Wiedemann综合征等基因印迹疾病；②目标疾病致病基因存在同源区域等情况，较短的读长在与参考基因组进行比对时可能存在不唯一性。